Sampling Problem der FFT

Hallo
Ich möchte ein ca.1Khz Signal abtasten und anschliessend einer 256
Punkte FFT unterziehen.Die Sampling Frequenz beträgt 5Khz.Somit daurt
das Sampeln ca 60ms. Meine FFT ist aber nach 18ms schon fertig und
schafft in der Zeit nur ca. 72 Samples einzulesen und muss weitere 42ms
warten bis das letzte sample eingelesen ist.
Auch wenn nach 4 FFT Durchläufen das 256 Punkte Array gefüllt ist ,ist
das Spektrum verfällscht.
Hat jemand eine Idee wie man das verbessern könnte ohne zb. Zero
Padding verwenden zu müssen.
Gruss Andreas