2x ADC, 1 mal mit und einmal ohne interrupt

Hallo,

hänge mal wieder seit ein paar Stunden an einem Problem:
Also die Ausgangslage ist folgende:

Ich habe 2 AD Channel an.
Der eine wird mit einem Timer alle 0,5 Sekunden gemessen, der andere 
wird das erstemal durch den 0,5s Timer gestartet und löst dann ein 
Interrupt aus, indem er das gemessene ergebnis dann auswertet und sich 
selbst ernuet startet. Falls der ADC vom Timerinterrupt aktiv wird 
startet er ganz am Ende des Interrupts den anderen ADC wieder (der mit 
dem Interrupt, wenn die Wandlung fertig ist).
Mein Problem ist nun, dass sobald der ADC mit Timer gestartet wurde, der 
andere ADC (der ein Interrupt bei fertiger Wandlung auslöst) bei der 
ersten Messung einen falschen Wert erhält.
Ich hab keine Idee mehr was ich noch probieren könnte. Habt ihr 
vielleicht mal selbiges Problem gehabt oder habt eine Vermutung, was ich 
nicht beachtet habe?