Taktgenerator

gucke dir mal im Datenblatt die Timer an. Speziell die Seiten für 
"Waveform Generation" und "Clear Timer on Compare Match"

Ich verstehe da gar nichts. :-(

ich vermute, du willst mittels einer softwareverzögerung, die 
einstellbar ist, eine weile warten und dann den ausgang togglen um eine 
gewünschte frequenz/tastverhältnis zu erhalten.
richtig oder falsch?

Richtig. Aber da du mich jetzt auf eine andere (und eine viel bessere) 
Lösung gebracht hast, will ich das nun mit Timer lösen. Google hat mal 
wieder was ganz Feines ausgegraben: 
http://www.roboternetz.de/wissen/index.php/Timer/Counter_(Avr)

in dem links steht irgendwie nix drin.
aber du scheinst verstanden zu ahben. der atmel hat einen hardwaretimer 
drin, dem du nur sagen musst bei welchem stand er was machen soll. dann 
macht er das alleine und die software macht nix, außer vielleicht ne 
taste abfragen und dann die instruktionen für den timer ändern ....