avrdude ist so schlecht nicht dokumentiert. ;-) Es gibt eine
man page, die eigentlich schon einiges beschreibt, die
texinfo-Doku ist gerade im Aufbau befindlich. Das ist alles
noch ein bißchen im Fluß, wie Du ja auch dort lesen kannst.
yacc heißt bei Linux vermutlich bison (oder byacc). Die
aktuellen Dateien enthalten aber automake/autoconf, die
sollten das automatisch erkennen.
Ja, das Download-Verzeichnis ist derzeit noch leer, weil es noch
keine offizielle Version davon gibt. Im Moment mußt Du Dir das
aus dem CVS selbst auschecken, aber das ist ja eigentlich alles
beschrieben. Du mußt vor dem Compilieren ./bootstrap laufen
lassen, das startet automake/autoconf, die bauen dann erst den
./configure Script. Wenn dann mal ein Release davon fertig sein
wird, wird dies natürlich in den Release-Dateien bereits gemacht
worden sein, so daß man sofort mit ./configure loslegen kann.