AVR 16 Bit timer berechnen

Ich vermute mal, Du verwechselst das hier mit einem 10-bit PWM.
Der zählt in der Tat bis 1024.  Ansonsten würde das nur für den
Spezialfall CTC-Mode (clear timer on compare match) zutreffen
mit einem Vergleichswert von 1024.

mhh..komisch ist halt nur, dass es so funktioniert.

ich aktiviere einfach den 16 bit timer und setzte den vorteiler auf 1
und zusätzlich halt noch den timer overflow interrupt.

also sollten es dann nicht 25µs sein sondern:

0.25[µs] = 1 / 4000000[Hz] ???

Nein, 65536/4 MHz (65536 ist der timer roll over bei 16 bit)

ich meinte eigentlich den einzelschritt wenn der counter von 1 nach 2
zählt usw...

Der ist natürlich schon f[clk] / Vorteiler.  Aber wo siehst Du den
denn (in der Simulation oder in der Realität)?  Du bekommst keinen
Interrupt dafür, kannst keinen Ausgang damit umschalten lassen, rein
gar nichts.  Der tickert nur intern im Timer.  Im Falle des
Vorteilers 1 passiert es oft genug, daß mehr als ein Timertick
vergeht, bevor der nächste Befehl überhaupt komplett abgearbeitet
worden ist...