Also aref hängt in der Luft. der Kondensator ist meines Erachtens
sinnlos.
Dann würde ich für den Jtag den original 10poligen Pfostenverbinder
nehmen, und für den isp auch den 6 poligen.
Die Pinbelegung kannst du aus dem avr-studio entnehmen.
jeweils beim jtag und beim isp programmer ist die Pinbelegung dort
abrufbar.
Dann würde ich, um nicht so eine Unübersichtlichkeit zu haben, die
einzelnen Signale nur ein Stückchen herausziehen und in der lüft hängen
lassen.
Diese, die dann zusammengehören gibst du dann den gleichen namen, dann
sind sie verbunden. z.b MISO, MOSI, SCK, /RESET, usw..
mit den masse oder versorgungssymbolen bzw. netzen musst du auch nicht
sparen... erhöht die Übersichtlichkeit...