AT90CAN128 Timer/Counter - Bits zählen

Hallo alle zusammen,

ich habe ein Problem und habe dazu keine passenden Threads im Forum 
gefunden, die mir weiter helfen.

Ich möchte mit Hilfe von Timer/Counter die pro Sekunde empfangenen Bits 
(über SPI, CAN) zählen.
Die Timereinstellungen, um immer eine Sekunde zu zählen, sind kein 
Problem, das funktioniert.
Leider fehlt mir als Neuling in dem Bereich aber gerade das nötige 
Knowhow, um die richtigen Einstellungen (welche Register, Timer, 
Interrupts, ...) zu setzen , die ich benötige, um jedes einzelne 
ankommende Bit zu zählen. Erst wollte ich jedes Wechseln von 0 auf 1 und 
anders herum nutzen, aber da werden ja sicherlich mehrfach 
hintereinander gesendete gleichwertige Bits ignoriert...

Ich benutze den AT90CAN128 mit einem 16 MHz Quarz.

Kann mir vielleicht jemand weiter helfen???

Danke schon einmal...