Frequenzberechnung mit Input Capture

hallo!
Momentan möchte ich die Frequenz eines Rechtecksignals bestimmten. Dazu 
nutzte ich den Input Capture des Conters 1, des Mega88. Bei jeder 
steigenden Flanke bekomme ich ein Ergebnis.
Läuft alls ganz gut. Ich bekomme die Werte speichere sie zwischen und 
möchte sie nun auswerten. Dazu ziehe ich jeweils den neueren Wert von 
ältern ab. Nun beginnt mein Problem.
Wenn der alte Wert kurz vor dem Endewert des Zählers ist(0xFE) und der 
neue Wert kurz nach dem Überlauf (also z.B.0x40) kann ich ja nicht mehr 
ohne weiters die beiden weiter von einander abziehen. würde ja 
minuswerte bekommen.
Hat jemand eine Ahnung wie das lösen kann. Ich brauche ja eigentlich nur 
den Betrag.
Eine Lösung hätte ich schon nur weiss ich nicht ob die auch so ohne 
weiteres geht. Ich würde einfach überprüfen ob nach der Subtraktion der 
beiden Zahl das Negativ Flag gesetzt ist und wenn das der Fall ist in 
eine andere Schleife springen und dort einfach den Wert mit 0xFF 
addieren. schon hätte ich den Betrag wieder.
geht das alles so, wie ich mir das vorstelle oder gibt es da "ärger"?
ich habe mal gelesen dass es zu solchen fragestellung eine ap-note von 
atmel gibt. weiss jemand wo ich dies finde und wie die heisst!
Vielen dank schon mal für eurer Antworten!
schönen abend noch!