Du kannst Winavr von der Kommandozeile aus betreiben und aus einer
IDE heraus.
Über die Kommandozeile ist es am bequemer, wenn du ein Makefile für dein
Projekt hast und dann 'make all' aufrufst, statt die Optionen,
Codedateien, Objektdateien etc. auf der Kommandozeile auszuschreiben.
Das Makefile kannst du mit dem MFile-Tool (empfohlen) machen, welches
beim WinAVR-Paket dabei ist. Dort kümmert sich das Tool auch um den
µC-Typ, die Frequenz etc. Was wo geschrieben wird, siehst du später am
erzeugten Makefile.
Auch mit den meisten IDEs ist das Makefile nützlich. Bei der IDE aus dem
WinAVR-Paket, dem PN (Programmers Notepad), wird ebenfalls das
Kompilieren/Linken etc. über make gesteuert. Andere IDEs als den
"spartanischen" PN kann man auch benutzen, Hinweise dazu finden sich in
der Artikelsammlung.
Wenn du als IDE das AVR Studio von Atmel benutzt, ist es etwas anders.
Dort werden in der Regel interne Makefiles vom AVR Studio benutzt;
externe kann man aber auch benutzen.