Einsynchronisieren auf Taktsignal

Hallo zusammen,

ich möchte einen Busteilnehmer für ein spezifisches Busformat 
programmieren.
Und zwar besteht das Protokoll eigentlich nur aus einem Taktsignal, 
welches mit 1kHz 128 mal taktet und dann einige ms Pause macht.
Ich muss nun mit meinem Teilnehmer an der richtigen Stelle, also z.B. 
beim 50. Takt reagieren und die zweite Leitung aktivieren.
Wie kann ich es am software-technisch am geschicktesten lösen, mich auf 
den Takt einzusysnchronisieren und dann mit möglichst kurzer 
Verzögerungszeit reagieren, wenn der passende Takt kommt.
Interessant ist es natürlich auch, wenn ich schon beim ersten Taktsignal 
reagieren muss.
Ich habe sowas nich nie gemacht, und würde das jetzt mit einem externen 
Interrupt und dann mehrfacher Zusatzabfrage machen. Wichtig ist es, die 
Zeit vom Taktsignal bis zum Reagieren möglichst kurz zu halten.
Ich bin für alle Tipps dankbar

Gruß
Klaus