>oder muss ich den immer ausbauen und im z.B. STK 500 programmieren?
Nein, der Clou ist, dass das STK500 ja schon so ein Programmer ist. Du
kannst den Controller immer in Deiner Schaltung lassen. Alles, was Du
brauchst, ist ein 6-poliger Plug auf der Platine, den Du mit den Pins
VCC, GND, RESET, SCK, MOSI, MISO vom Controller verbindest. Zum
Programmieren Kabel vom Plug zu dem mit "ISP6pin" beschrifteten
Gegenstück auf dem STK500 stecken und Programmiervorgang starten. Das
ist alles.
Siehe auch im Handbuch zum STK500, Kapitel "In-System Programming of an
External Target System".