Es ist bei mir ein Weilchen her, das ich mit dem SAM7 was gemacht habe.
Wenn ich das noch richtig weiss, wird beim Programmieren des SAM7 der
Atmel-Bootloader komplett vom Programm überschrieben. Um den µC erneut
programmieren zu können, muss man erstmal diesen Bootloader
wiederherstellen. Das geht so, dass man den Test-Pin und ein Paar
weitere Pins für 10sec auf "High" gezogen werden. Nach dieser Prozedur,
wird der Bootloader wider ins Flash kopiert und erst dann kannst du via
SAM-BA den µC neu programmieren. D.h. wenn du jedes Mal, bevor du den
SAM7 programmieren kannst, einen Jumper setzen muss und dann eine Weile
wartest, dann arbeitest du mit dem Atmel-Bootloader. Zugegeben, sehr
unschön gelöst.
Es gibt aber eine weitere Möglichkeit. Es kann sein, dass in dein µC ein
anderer Bootloader einprogrammiert wurde, der immer drin bleibt, mit dem
den µC ohne weitere Maßnahmen programmieren kannst(über RS232 oder USB).
--> Fazit: wenn du ohne weitere Maßnahmen deinen µC programmieren
kannst, d.h. aufs Knöpfchen drücken und fertig, dann hast du einfach
einen anderen Bootloader im µC.
Lies mal dazu das Datenblatt. Da wird die Funktionsweise des SAM-BA
näher beschrieben.