AT91SAM7A3 USB-Verbindung via SAM-BA

Hallo,
ich versuche seit einiger Zeit, ein eigenes AT91SAM7A3-EK zu bauen. 
meine Hardware ist soweit fertig, ich habe als Kommunikation so weit 
alles integriert (USB, JTAG, CAN, DBGU) und möchte jetzt ein Programm 
auf dem Controller zum laufen bringen. Nun ergibt sich folgendes 
Problem:
Die einzig funktionierende Kommunikationsmethode ist JTAG. Ich habe mir 
einen Wiggler-Clone gebaut und verwende H-Jtag zum beschreiben des 
Flash. Wenn ich jetzt ein Programm auf den Controller schreibe, wird 
dieses nicht ausgeführt. Mein Ansatz wäre gewesen, es per USB, CAN oder 
DBGU wieder zu versuchen, doch aus unerklärlichen Gründen funktioniert 
SAM-BA nicht. Ich habe dafür die Boot-Binary in den internen Flash 
geschrieben. Ich bin mir nun nicht sicher, ob ich eine bestimmte 
Speicheradresse nehmen muss oder woran es liegt. Mein Quarz hat 
18,432MHz und meine PLL ist genau wie im Schaltplan des Atmel 
AT91SAM7A3-EK angelegt.
Kann mir jemand sagen, was falsch ist?
Danke,
Eike