ATmega88 mit AVR ISP MKII schreibt Programm nicht

Ich versuche einen ATmega88 über den AVR ISP MKII (Hw 0x01, FW 0x010C) 
mit AVR Studio zu programmieren. Getestet habe ich AVR Studio 4.16 unter 
Windows XP und AVR Studio 4.17 unter Windows 7.

Fuses werden gesetzt und ich kann sie anschließend auslesen. Wenn ich 
das Programm aufspiele und verifiziere meldet das Programm OK zurück. 
Wenn ich dann aber das Programm vom ATmega zurücklese ist die Hexdatei 
wie folgt, also leer:

:10000000FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF00
:10001000FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF0
:10002000FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFE0
:10003000FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFD0
(...)

Das entspricht nicht meiner hexfile die Programmiert wird, trotzdem 
verifiziert er und meldet dass das Programmieren erfolgreich war.

Die hexfile kann auf einem anderen Rechner mit dem Debugger problemlos 
auf das selbe Board geschrieben werden.