Programmierung S3AN

Ich will den Spartan 3AN über JTAG programmieren. Nach dem Programmieren 
soll er immer vom internen Flash geladen werden. Irgendwie kann ich aus 
dem UG332 nicht erkennen, wie mit den Pins M(2:0) zu verfahren ist.
Nach dem Programmieren müssen diese auf 011 gesetzt werden, damit der 
FPGA vom internen Flash geladen wird. Für den Anschluss des JTAG-Kabels 
sollen diese Pins auf 101 gesetzt werden. Betrifft das auch die 
Programmierung über JTAG?
Irgendwie wäre es ja blöd, wenn man noch Brücken einbauen müsste, die 
nach der Programmierung umgesteckt werden müssen. Das kann ich mir 
jedenfalls nicht vorstellen.
Weiß jemand genaueres?