Nanoboard 3000 und AVRISP-MKII beissen sich

Hallo zusammen,

hab da mal ne Frage zu der Interoperabilität diverser
Programmier Hardware zueinander. Ich habe das Altium Nanoboard 3000
zum Rumexperimentieren mit FPGAs und einen AVRISP-MKII für Atmel
uCs zu Programmieren. Unter Altium Designer ist mir aufgefallen, das
das NB3000 zwar erkannt wird, aber das Programmieren des FPGA Projekts
nicht erfolgreich ist so lange der AVRISP-MKII auch am PC angeschlossen
ist. Ist unter Win7 64 so wie WinXP das selbe Verhalten.
Umgekehrt hatte ich auch Probleme, im AVRStudio meinen attiny13a zu 
programmieren mit ebenfalls angeschlossenem NB3000.
Kann das sein, das die Software die einzelnen JTAG Adapter nicht 
auseinanderhalten kann und einfach auf gut Glück den erstbesten 
gefundenen
Adapter benutzt ? Ich hatte gehofft, das ich mir ewiges Umstöpseln dank 
USB sparen könnte.
Wie sehen da eure Erfahrungen aus ?

Gruß,

dasrotemopped.