Das AVR-Studio bietet die Möglichkeit, deinen Quellcode zu simulieren.
Allerdings weiß ich nicht, ob nur Assembler oder auch C...
Einfach Strg+F7 ("build and run") drücken statt nur F7 ("build"), dann
wird der Code compiliert und der Simulator gestartet. Mit F11 gehst du
dann immer einen Befehl weiter. Der Simulator zählt die Takte mit und
zeigt sie links oben an, genauso wie (bei korrekt eingestellter
Frequenz) die verstrichene Zeit. Die Inhalte der einzelnen Register,
Ports etc. kannst du dir auch zu jedem Zeitpunkt anzeigen lassen.
Auslesen kannst du ihn, wenn du dir das Dialogfenster vom AVR-Studio mit
dem µC anschaust, über diverse Buttons. Da, wo du ihn
programmierst/schreibst, kannst du ihn auch auslesen und verifizieren
(d.h., automatisch auslesen und mit deinem Hex-File vergleichen) lassen.
Dort kommst du hin, wenn du den rechten "IC"-Button im AVR-Studio
anklickst.