Programm zerstört Fuses?

Hallo zusammen,

habe hier ein Problem und komme einfach nicht auf die Ursache. Nicht mal 
ungefähr.

Habe folgendes zur Hand: ein STK600, einen AT90USB646 auf einem Board 
mit USB-Beschaltung auf dem sämtlichen Ports über Molex Steckverbinder 
rausgeführt werden. Für das Ganze noch ein ISP das mit dem STK600 
verbunden ist. Falls erforderlich kann ich Teile der Schaltung posten.

Im Grunde funktionierte alles wie es soll. Nur trat nun folgendes 
Problem auf:
Ich habe ein Programm geschrieben, das beim Initialisieren alle Ports 
auf 0 gesetzt hat. Nachdem ich dieses geflashed hatte, funktionierte die 
USB Kommunikation nicht mehr. Der µC ließ sich auch über das ISP erst 
nicht mehr ansprechen. Ich habe es dann mit geringerer Geschwindigkeit 
versucht und festgestellt, dass die Fuses sich verändert haben (clock 
settings). Habe dann nochmal das Programm geflashed... daraufhin ging 
garnichts mehr. Der µC hat anfangs ca. 50mA konsumiert auf dem Board. 
Jetzt braucht er nurnoch 6mA und reagiert auf nichts mehr.. ist das Teil 
kaputt? Habt ihr irgend eine Ahnung woran das liegen kann. So ein 
Programm kann doch normalerweise nicht die Fuses zerstören.

Jede Hilfe wäre mir sehr willkommen.

Gruß Alex.