D-Flipflop mit Reset

Logisch gesehen gibt es keinen Unterschied.
Elektrisch gesehen, mag der Inverter vor oder nach dem Buffer (dem 
Dreieck) angeordnet sein. (Korrigiert mich bitte falls ich mich irre).

Schreib doch mal genau, was für ein Problem auftritt. Der Satz: "Leider 
funktioniert die Schaltung noch nicht wie erwartet." ist leider genau 
der, den man in der Netiquette zu vermeiden empfiehlt.

Für einen Anfänger mag das verwirrend sein, aber ich habe schon
zig Schaltungen mit dem 74-D-FF zum Funktionieren gebracht,
ohne das (Figure 5.) EXPANDED LOGIC DIAGRAM zu beachten.

Wichtig sind die FUNCTION TABLE und (wenn man es praktisch
aufbaut) das PIN ASSIGNMENT!
- Solange man sich an die Grundregeln für die jeweilige
Logik-Familie (TTL, LS-TTL, CMOS, HC, ... hält.

Ich möchte wetten, dass die Ursachen der Fehlfunktion
entweder mit der FUNCTION TABLE, oder mit der Bedienung
von Simulink zu erklären sind.

Zeig doch einfach mal deine (virtuelle) Schaltung!

Habe auch gerade gesehen, dass bei den in Simulink vorhandenen Flipflops 
auch einfach nur die Logiktabelle hinterlegt ist. Hier ist trotzdem mal 
ein Screenshot von meiner Schaltung, da mich schon interessieren würde, 
wo mein Fehler ist.

Im Plot ist oben der Clock-Eingang gezeigt, darunter Reset, gefolgt vom 
nicht invertierten Ausgang. D- und Set-Eingang sind dauerhaft auf 1. 
Meiner Meinung nach müsste der Ausgang auf 1 bleiben, bis der Reset 
umgeschaltet wird.

Wahrscheinlich hast du Probleme mit der Anfangsbedingung.
Falls alle Eingangspins (auch CLK) statisch inaktiv "H" sind, so ist der 
Anfangszustand UNDEFINIERT.
Nur ein "L" am Clock oder eine steigende Flanke gibt eine definierten 
Anfangszustand.
Siehe auch hier 
http://www.piclist.com/images/www/hobby_elec/e_ckt10_6.htm
Gruss