aufwärtswandler mit Impuls-last

Hallo zusammen,

vorweg, ich komme aus der Softwareecke, und habe mir das alles eher 
autodidaktisch beigebracht. Bisher kam ich auch gut zurecht, aber ich 
befürchte, nun brauche ich eure Hilfe, da es etwas für die Arduino 
Tutorial hinaus geht.. :/

Ich will einen Aufwärtswandler bauen, der die Last nur pulsierend 
abgibt. Im Anhang habe ich den dazugehörigen Plan angehängt. Es sieht 
eigentlich alles ganz gut aus, bis auf, dass der Wirkungsgrad bei ca  5% 
liegt, wenn ich das richtig verstehe.
Was mir noch Bauchschmerzen macht, ist es die Parameter für meine 
Ausgangspannung und Frequenz der Impulse unter einem Hut zu bringen.
Im Prinzip will ich mit einem PWM die Volt von 5-80V steuern und die 
Impulse am Ausgang ebenfalls mit einem weiteren PWM von 5-100Hertz (über 
ein Arduino).
Sobald ich aber die Frequenz alleine erhöhe, so sinkt die Spannung, da 
der Cap mehr entlädt usw. :(
Das Tastverhältnis sollte am besten ebenfalls mit einem PWM schalten.
Die Arduinos haben ja 500Hertz am PWM, passt das für das Tastverhältnis? 
im Internet liest man eher, dass die Schaltfrequenz so hoch wie möglich 
sein soll (50KHz)?!
Ich zweifele, ob ich überhaupt auf den richtigen Weg bin?!
Habt ihr einen Vorschlag?

Vielen dank im Voraus, Karlos