Auf einem Atmega kümmert sich der Programmierer um jeden Kleinkram
selbst. Interrupt-Routinen, Filesystem auf SD-Karte, Ausgabe auf UART...
Auf einem PC kümmert sich der Programmierer nur um das
Anwendungsprogramm. Den ganzen technischen Kleinkram machen Windows,
Linux oder ähnliches.
Entwickelst du ein umfangreiches Programm auf dem Mikrocontroller, dann
wächst dir der technische Kleinkram über den Kopf, aber ein Linux ist zu
gross und zu träge.
Dafür gibt es dann Real-Time-Operating-Systeme. Für die Anforderungen
von umfangreichen Mikrocontroller-Programmen konzipiert.
Wahrscheinlich wirst du so etwas auf 8-Bit Mikrocontrollern niemals
brauchen.