N-Channel-MOSFET: Ug > Ud, Verständnisfrage

In Anwendungen als Schalter ist es ganz normal dass Uds fast 0V wird. 
Genau das will man ja in Schalteranwendungen erreichen damit die 
Verlustleistung klein bleibt. Pverlust = Id*Uds

>in meiner Schaltung sitzt ein N-Channel-MOSFET, bei dem die Gatespannung
>im Schaltvorgang (kein PWM)+6V beträgt und die Spannung am Drain unter
>+3V liegt.

Deine Schaltung kennen wir zwar nicht, aber 3V Drainspannung bei 6V am 
Gate ist zu hoch, wenn der Mosfet als Schalter dienen soll. Deswegen 
denke ich, Du hast Mist gemessen, oder Deine Schaltung ist Mist (z.B. 
Widerstand oder die Last an Source).

>Ist es sozusagen egal, welche Spannungsdifferenz zwischen Gate und Drain
>herrscht, solange Ug(max) und Ud(max)selber nicht überschritten werden?

Ja, zumindest solange es eine "normale" Schaltanwendung ist. Wie der 
Mosfet sich am Ausgang verhält, wird aber von dessen 
Gate-Source-Spannung bestimmt, und nicht einfach durch seine 
Gatespannung.
Da Du aber noch satte 3V siehst, wo man eher knapp über 0V erwarten 
würde, läßt das auf eine nicht normale Schaltanwendung schließen, die 
vermutlich auch nicht wie angedacht arbeitet.