Wenn Dein FPGA mit 400 MHZ zurechtkommt (das muss es ja zum deserialisieren) und deine Clocks einen Phasenversatz von 0° haben und das Quartus auch bewusst ist (z.B. 100M und 400M Clock kommen aus der selben PLL), dann sollte es reichen, in der 100MHz Domain ein einfaches Register einzufügen und nicht direkt mit dem Wert aus der 400MHz Domain weiter zu rechnen. Dadurch bekommst Du 1 100MHz Takt Delay rein, aber das ist ja vielleicht verschmerzbar. Alternativ kannst Du in der 100M Domain ein Toggle signal implementieren, und damit in der 400M Domain erkennen, wann gesampelt wird. Dann musst Du dein SReg zum geeigneten Zeitpunkt in der 400M Domain kopieren und entsprechende Multicycle Constraints definieren.
Wenn Du uns Deine aktuelle Implementierung zeigst, dann können wir Dir konkrete Tips geben, so bleibt nur der Blick in die Glaskugel.
@Rick: Mit Clock Recovery hat das nichts zu tun, da die Takte ja Phasensynchron und bekannt sind