ATMega32 Timer1 1kHz erzeugen

hallo,
benute einen ATMega32(L).
Eine Frage zu dem 16bit Timer.
Ich möchte ein Signal am PORT mit 1 kHz abfragen.
Um die 1 kHz zu erzeugen steht mir nur noch der Timer1 ( 16 bit ) zur
verfügung.
Ich dachte ich könnte es so machen ?
den Timer initialisieren:

  225 /*
  226  Timer1 (16bit)
  227  Encoder-Abfrage
  228  Output Compare Mode (OCR1A wird ständig mit TCNT1 (Zählerstand)
verglichen
  229  bei Gleichheit wird Interrupt SIGNAL(SIG_OUTPUT_COMPARE1A)
aufgerufen,
  230  TCNT1 wieder =0; (CTC Mode  = clear timer on comapre match)
  231  Takt durch CSxx auf clk\1 (no prescaling) = 8 MHz=0.125us
  232 */
  233 void BobbyCar::initTimer1()
  234 {
  235   TCCR1B= (0<<CS12)||(0<<CS11)|(1<<CS10)| (1<<WGM12)| (0<<WGM11)|
(0<<WGM10); // CTC- Mode clk/1 (no prescale)
  236   OCR1A = 8000;                           // 8000*0.125us = 1ms
        => 1kHz
  237   TIMSK|= (1<<OCIE1A);//                  // counter Value
                                                   matches interrupt
  238 }

 und dann mit

  129 // Timer für Radencoder - Abfrage 1kHz
  130 //
  131 SIGNAL(SIG_OUTPUT_COMPARE1A)
  132 {
  133   if((bool)(PINB & (1<<1)) != encLeftOld)
  134   {
  135     encLeftCount++;
  136     encLeftOld =  !encLeftOld;
  137   }
  138   if((bool)(PINB & (1<<2)) != encRightOld)
  139   {
  140     encRightCount++;
  141     encRightOld =  !encRightOld;
  142   }
  143 }

die Pins abfragen, wobei SIGNAL mit 1kHz kommt ?
wie macht man so was normalerweise ?
ich dachte ich lasse den Timer1 mit 8 MHz laufen,
in OCR1A initialisiere ich mit 8000, dh
wenn der Timer den Stand 8000 erreicht hat wird
SIGNAL(SIG_OUTPUT_COMPARE1A) aufgerufen.
nach meiner Rechnung (siehe Kommentar) ist das 1kHz.
Danke für Hilfen
   Chris