Nach Möglichkeit würde ich alles "weich" koppeln. Außer Masse, die
muss immer niederohmig "hart" gekoppelt sein. Weich meint, dass du
z.B. einen 100 Ohm sowohl in der Plus-Leitung wie auch am Mittelabgriff
des Potis platzierst. Und zwar kurz bevor die Leitung dein Gehäuse
verlässt. Und davor (zur Schaltung hin) einen Kondensator. Wenn nun ein
Transient auf einer der Leitungen von außen einwirkt, wird das durch die
weiche Kopplung und den Tiefpass nicht in die Schaltung eingekoppelt.
Wenn du allerdings den Widerstand nicht räumlich unmittelbar am
Leitungsausgang deines Gehäuses der Schaltung positionierst, koppelst
du dir die Störung kapazitiv wieder ein. Genauso, wenn du noch 20 cm
deiner "bösen" Leitung im Gehäuse deinem Schaltungsgehäuse rumliegen
hast.
Die Kondensatoren, wie schon geschrieben: VCC gegen Masse und nicht
gegen das Signal.
Bei der EMV-Prüfung würde ich mir vor allem Gedanken drum machen, dass
dein empfindlicher AD-Eingang nicht zerstört wird. Und das du keine
Störungen nach außen transportierst. Fehler beim messen ist nochmal ein
anderes Thema.