Mikrocontroller ISP komische Pin belegung

Guten Tag,

Wir haben in der Schule zum Üben mit den AVR Mikrokontrollern ein 
Atmegaboard bekommen (~12€ inklusive USB Kabel und Display). 
Programmieren können wir es über USB (Firmware auf dem Atmega und 
Uploadprogramm auf dem PC). Ich wollte mir jetzt zur Sicherheit ein 
Backup der .hex Datei machen, über ISP. Wenn ich es mit meinem MKII 
verbinde funktioniert es nicht (LED Blinkt Orange) also Schaltplan des 
Boards angesehen und mit dem ISP Pinout verglichen.

Anstatt des RESET wurde der SS/CS vom SPI angeschlossen.

1.Frage Warum ist das so? Hat das eine Funktion oder ist das ein Fehler?

2.Frage Wie kann ich es trotzdem mit meinem MKII programmieren ohne die 
Platine zu ändern?

Im Anhang befindet sich ein Teil des Schaltplans Der Mikrocontroller ist 
ein Atmega16

Danke im Voraus für eure Antworten
Lg Sebastian