Der Stecker, der dort verwendet wird, ist ein Samtec FTSH-105-01-F-DV-K.
http://suddendocs.samtec.com/catalog_english/ftsh_smt.pdf
Das passende Kabel ist das Samtec FFSD-05-D-12.00-01-N
Das kauft man fertig konfektioniert - selbermachen ist schwierig.
http://suddendocs.samtec.com/catalog_english/ffsd.pdf
Damit müsstest Du in der Lage sein, Dir die benötigten Adapter
herzustellen. Ob das dann billiger wird als gleich das Komplettpaket zu
nehmen, sei dahingestellt, insbesondere bei Stückzahl 1.
Ansonsten: ja, wenn Du mit den Atmel-Tools debuggen willst, hast Du
keine Wahl.
Wenn Du experimentierfreudig bist, kannst Du den aktuellen MPLABX und
den XC8 ausprobieren. Das kommt aus der PIC-Schiene, aber die Tools
haben inzwischen auch AVR und ARM-Unterstützung bekommen. Wie gut die
funktioniert, weiß ich nicht - ich nehme eh die im Vergleich zu AVR
deutlich leistungsfähigeren PIC24 und PIC32. Dazu passt dann das
PICKIT4, das im Gegensatz zum PICKIT3 auch ISP, PDI und JTAG kann. Auch
das geht nur mit MPLABX, wird aber niemals mit den Atmel Studio
funktionieren (das bei Microchip EOL ist, da wird nichts mehr gemacht,
das ist tot).
fchk